かつて、突如現れた謎の敵「アンノウン」。これに対し、「超進化鉄道開発機構」通称「ERDA」は、この脅威に対抗するため、新幹線から変形するロボット「シンカリオン」を開発した。中学2年生のたいせいは、2年前に失踪した妹の手がかりを求めて、シンカリオン学園中等部に転校する。ようやく落ち着き始めた頃、10年ぶりにアンノウンが姿を現す。偶然にも、たいせいはシンカリオン操縦適性が非常に高いことがわかり、戦うことを決意する。アンノウンの正体と目的は何なのか。戦いを通じて徐々に明らかになる真実。少年たちの決意と成長の物語が、今始まる。