数十年前に現れたとされる”魔女”という者たちは、人々に害をなす悪しき存在として”狩り”の対象となっていた。そんな常識に疑問をもつ少年・荒幡勇人は、幼なじみの結野美景が魔女と化してしまうところを偶然目撃する。美景を守ろうと奮闘する勇人。そんな二人の前に魔女の排斥し続ける組織・紅蓮教会の魔女狩り部隊が現れる――！