「Missing」の物語は、恋愛感情はただの錯覚だと断言していた男子・空目恭一に彼女ができたことから始まる。空目と同じ高校文芸部の者たちは「一種のサイコ」「存在そのものがテーマパーク」な彼に彼女ができたことが信じられなかった。第1話では、彼女からこの世の者ならざる異常さを感じとった部員たちは、その正体を確かめようとする。