「極道パラサイツ」の物語は女性巡査・新谷舞が、暴力団などの組織犯罪を取り締まる部署、通称“組対”に配属されたことから動き出す。新谷は配属されてすぐ、組対が最重要危険人物に指定している竜神組の組長・三黒翔吾に夜道で遭遇。だが三黒は突然苦しみだしたかと思うと、新谷の目の前で手のひらサイズに縮んでしまった。しかも小さくなった三黒は、なぜか新谷の家へとついてきて……。かくして2人の奇妙な同居生活が始まる。