四国の太平洋側沿岸に浮かぶ源五郎島。そこにある弾正高校は、地下に古代遺跡の迷宮が広がり、周辺を凶悪な巨大生物がうろつく魔境だった…。リゾート三昧と騙されて入学を志願した宇佐見ヨウイチは、実情を知り源五郎島からの脱出をはかるが、その途中で猟師で生計を立てる少女・三笠シオと出会う。彼女は、自分の家族と左足を奪った迷宮の怪物たちに激しい憎悪を抱いていた…。