世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。 家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。 マナを２度殺した過去を神田に語ったアレン。神田はそんな彼にマナが本当に死んでいるのかを問いかける。思わず激昂し殴りかかったが、神田の「アルマは生きてた」「この聖戦のグレーゾーンはマナだ」という言葉にずっと目を背けてきた疑念を解き明かすことを決意し、自分を追ってきてくれた神田達に自分に起こった出来事を説明し、巻き込むことに。 死んだはずのリンクとも再会を果たし、自分の知っていること全てを話したアレン。唯一の「ハート」の手がかりであるアポクリフォスとマナを調べるため教団に戻る神田とティエドール、クロスの言葉を信じカテリーナ＝イヴ＝キャンベルを捜すアレンとジョニーにルベリエのため14番目の協力者となりアレンについていくリンクの二手に分かれることに。大きな謎の正体を知るため、聖戦の全てを知るため、アレン達は動き出し!?